Az MME tagjai 32 területi szervezet és 5 szakosztály (ragadozómadár-védelmi, vízimadár-védelmi, hüllő- és kétéltűvédelmi, gyűrűző- és vonuláskutató valamint lepke- és szitakötővédelmi) keretében tevékenykednek országszerte.
Minden megyében működik egy aktív madártani csoport, sok helyen irodát, természetvédelmi és szemléletformáló központot üzemeltetünk.
Központi szervezésű programjaink az ország minden területét érintik.
Az egyesület arra törekszik, hogy legalább megyénként, esetleg jelentősebb tájegységenként egy-egy aktív csoportot működtessen.
Az a cél, hogy az egyesületi háttér, szakmai tapasztalat és tanácsadói segítség felhasználásával a csoportok képviseljék és ellássák megyei szinten is a természetvédelemmel kapcsolatos tennivalókat.
Szakosztályok, bizottságok
A szakosztályok és a bizottságok egy-egy szűkebb szakmai területen az egész országra kiterjedő munkát végeznek és koordinálnak.
