Az MME 1985-ben alakult Vízimadár-védelmi Szakosztálya 1997-ben alakult újjá. Szakosztályunk életre hívása kiemelt jelentőségű a vizes élőhelyek és élőviláguk védelem érdekében tett nemzetközi erőfeszítések idején.
Ma, amikor ezen élőhelyek megszűnéséről, a még meglévők állapotának folyamatos romlásáról - és az élőviláguk eltűnéséről - beszélünk nap mint nap, szükséges egy olyan társadalmi bázison nyugvó szervezet működése, amelynek tagjai kellő összefogással és szakmai megalapozottsággal elősegíthetik ezen folyamatok mérséklését, vagy megelőzését. A Vízimadár-védelmi Szakosztály - összhangban az MME természetvédelmi célkitűzéseivel - a vizes élőhelyek élővilágának feltárását, kutatását és nem utolsó sorban a védelmét vagy védettségének előkészítését vallja legfontosabb feladatának.
A Szakosztály védelmi tevékenységét a következő témakörök köré csoportosította:
Vonuló és telelő vízimadárfajok állományának országos szintű monitoring- és kutatási eredményeire alapozva az országos jelentőségű madárélőhelyek védelmének elősegítése.
Fészkelő vízimadár-állományok országos szintű monitoringja, a veszélyeztető tényezők feltárása, hatékonyabb védelmük elősegítése, különös figyelemmel a ritka, veszélyeztetett, valamint a telepesen költő vízimadárfajokra.