A Natura 2000 területek jogi hátterét a kijelölés előkészítési eljárását szabályozó, valamint a Natura 2000 területekre vonatkozó általános szabályozást a 275/2004 Kormányrendelet tartalmazza. A tervezet mellékletei tartalmazzák a kijelölés alapjául szolgáló közösségi jelentőségű fajok és élőhelyek listáját. A kijelölt területek helyrajzi számos listáját, annak nagy mérete és az esetleges majdani szakmai célú változások egyszerűsítése miatt, külön miniszteri rendeletben adták ki.
A tagállamok által kijelölt Natura 2000 területek ellenőrzése az Európai Bizottság által A különleges madárvédelmi területeket a tagállamok hirdetik ki. A megfelelő lefedettséget abban az esetben vizsgálja a Bizottság, ha panasz érkezik egy tagállamra a hiányos teljesítés kapcsán. Először többnyire informális konzultációt kezdeményeznek a Bizottság szakértői a tagállammal, majd a konzultáció kedvezőtlen kimenetele esetén, vagy nyilvánvaló mulasztás esetében formális eljárást indítanak a tagállam ellen, mely kedvezőtlen esetben az Európai Bíróságig is eljuthat.
Az élőhelyvédelmi irányelv alapján javasolt területek esetében a Bizottság szakmai szempontból az ún. biogeográfiai szemináriumok keretében saját és esetileg felkért szakértői útján fajonként és élőhelyenként megvizsgálja a javasolt területeket aszerint, hogy egy adott régión belül a területek megfelelő módon lefedik-e a régió állományát. A tagállamoknak lehetősége van az irányelv III. mellékletében meghatározott kritériumok rugalmasabb kezelésére, amennyiben az egy vagy több kiemelt jelentőségű fajnak/élőhelynek otthont adó területek a tagállam területének több, mint 5%-át teszik ki. A kijelölt területeknek a fajok és élőhelyek megfelelő reprezentativitásán túl a Natura 2000 hálózat koherenciáját is biztosítani kell. Adott esetben a Bizottság kezdeményezheti újabb területek kijelölését, melynek elmaradása a különleges madárvédelmi területeknél említett formális eljárás követhet.
Néhány pontosításról a hazai és a bizottsági felelősök között több körben folytak egyeztetések. Az ebből következő terület kijelölés pontosítások jelenleg is zajlanak, a Bizottság szakmai előírásainak megfelelően. Ennek megfelelően a fenti rendeletek módosultak és néhány ponton módosulhatnak a továbbiakban. További változásokat okozhatnak a közérdekből végrehajtott beruházások, ahol a beruházás által okozott természeti kár ellenére az eredeti terület is szerepel a jegyzékben, de a kompenzálásként kijelölt új Natura 2000 területek bővítik a listát.
A földhasználatra vonatkozó részletes szabályozás és a korlátozásokból eredő gazdasági kiesések kompenzálására a gyepek esetén született meg. A „Natura 2000 gyepterületek fenntartásának földhasználati szabályairól szóló 269/2007. (X. 18.) Kormányrendelet” kötelező szabályokat fogalmaz meg a Natura 2000 hálózatba tartozó, gyep művelési ágú területek használatáról, a „Natura 2000 gyepterületeken történő gazdálkodáshoz nyújtandó kompenzációs támogatás részletes szabályairól szóló 128/2007. (X. 31.) FVM rendelet” az előbbi jogszabályban foglalt korlátozások után járó kompenzációs kifizetésekről szól.
A Natura 2000 több, leginkább a földhasználatot és annak mezőgazdasági támogatási részét érintő hazai jogszabályba épült be. Egyes pályázati kifizetési rendszerekben a Natura 2000 területek megjelennek prioritásos területekként, amelyek plusz pontot jelentenek az ilyen területekkel pályázók számára, például az agrár-környezetgazdálkodási program egyes részeinél.
