A hazai területek kijelölését számos, elsősorban PHARE program keretében végzett adatgyűjtés segítette. A CORINE Biotóp projekt keretében 156 terület természetvédelmi adatait tartalmazó adatbázis készült, amelynek az élőhelyvédelmi irányelv szempontjából való elemzését is elvégezték. A „Felkészülés az élőhelyvédelmi irányelv magyarországi végrehajtására” megnevezésű PHARE projekt során 171 botanikus és zoológus szakértő közreműködésével Intenzív Botanikai Adatgyűjtés (IBOA) folyt, valamint megtörtént az élőhelyvédelmi irányelv mellékleteiben szereplő élőhelyek, növény- és állatfajok országos értékelése az aktuális terepi ismeretek, szakirodalmi és elterjedési adatok alapján.
A programban részt vevő szakértők javaslatot tettek a Natura 2000 hálózatba kijelölendő területekre is. A PHARE programok mellett a Természetvédelmi Hivatal irányításával 1997-ben indult Nemzeti Biodiverzitás-monitorozó Program is számos adatot szolgáltatott a Natura 2000 területek kijelöléséhez, mivel a projektek kialakításánál és a monitorozandó komponensek kiválasztásánál prioritást kapott az EU természetvédelmi irányelveinek mellékletein felsorolt élőhelyek és fajok vizsgálata.
A Natura 2000 területek kijelölésének folyamata és szempontrendszere
A Natura 2000 hálózat területeit, vagyis a különleges madárvédelmi területeket és a különleges természet-megőrzési területeket a tagállamok jelölik ki. A területek kijelölésénél kizárólag szakmai szempontok vehetők figyelembe, gazdasági-társadalmi megfontolások nem játszhatnak szerepet.
A madárvédelmi irányelv alapján kijelölendő különleges madárvédelmi területeket kijelölése a tagállamok saját hatásköre. A Bizottság csak akkor tesz észrevételt, ha a kijelölés hiányos. A kijelölésnek a rendelkezésre álló országos, átfogó felmérések figyelembevételével kell történnie, ilyen felmérés lehet például a BirdLife International által végzett „fontos madár élőhelyek (Important Bird Areas)” felmérése. A kijelölésnél figyelembe kell venni a vonuló madarak élőhelyeit, különös tekintettel a vonulás során igénybe vett pihenőhelyeket, kiváltképp a Ramsari Egyezmény alapján kijelölt nemzetközi jelentőségű vizes élőhelyeket.
A különleges természet-megőrzési területek esetében a tagország csak javaslatot tesz a területekre. A Bizottság szakértők bevonásával az ún. biogeográfiai szemináriumokon a nemzeti javaslatot áttekinti minden egyes fajra és élőhely típusra. A Bizottságnak lehetősége van a területek listájának módosítására. Amennyiben úgy látja például, hogy egy vagy több faj és élőhelytípus országos állományának lefedettsége nem megfelelő, a tagországot az adott faj vagy élőhelytípus tekintetében újabb területek kijelölésére kötelezi.
A területkijelölés és értékelés szempontjait az élőhelyvédelmi irányelv III. melléklete írja elő, amely két szakaszban – a területek országos és közösségi jelentősége – határozza meg a kiválasztás kritériumait. A területeknek minden, hazánkban előforduló élőhely típus és faj esetében az országos állomány elegendően nagy hányadát le kell fednie, hogy biztosítsák a kedvező természetvédelmi helyzet fennmaradását az unió és a biogeográfiai régió szintjén egyaránt.
A területjavaslatokat a korábban említett adatgyűjtés eredményeinek figyelembe vételével – az adott faj vagy élőhely típus állománynagysága, állománysűrűsége, hazai elterjedése, hazai és nemzetközi védelmi helyzete, élőhely igénye szerint – a 10 nemzetipark-igazgatóság munkatársai dolgozták ki az irányelvek mellékletein szereplő, hazánkban előforduló 46 élőhelytípus, 36 növény-, 105 állatfaj, valamint 91 madárfaj elterjedése és állománya alapján.
A nemzetipark-igazgatóságok a konkrét területekre vonatkozó javaslatokat felterjesztették a Környezetvédelmi és Vízügyi Minisztérium Természetvédelmi Hivatala számára. A területek listáját több hónapos, szakértők bevonásával történt egyeztetés követte, amelynek eredményeképp a javasolt lista véglegessé vált. A területjavaslatok értékelésében a Természetvédelmi Hivatal munkatársai mellett részt vett a Natura 2000 Tanácsadó Testület is. A listát és az adatlapokat Magyarország EU csatlakozásakor, 2004-ben küldték ki Brüsszelbe.
A javasolt területekről részletes dokumentációt kell eljuttatni az Európai Bizottság számára. Az adatlapok tartalmazzák a területek általános (kód, megnevezés, területnagyság hektárban, koordináták, NUTS régió) és ökológiai adatait (a területen előforduló közösségi jelentőségű fajok és élőhely típusok állományadatait és egyéb a területen jelentős fajok listáját), a kijelölés alapjául szolgáló fajok területen található állományának értékelését, a terület rövid jellemzését (minőség, megőrzöttség, veszélyeztető tényezők, kezelő szerv).
A hazai területek kijelölése az irányelvben előírt kritériumok messzemenő figyelembe vételével történt. A kijelölt Natura 2000 területek – a különleges madárvédelmi területek és a különleges természet-megőrzési területek – mintegy 1,95 millió hektárt tesznek ki, mely az ország területének 21%-a. A két területtípus átfedése közel 42%. A Natura 2000 hálózat részben a védett természeti területek már meglévő hálózatára épül (a jelölt területek 39%-a), de eddig még nem védett területek is részét képezik. Figyelembe véve hazánk egyedülálló természeti adottságait és a természeti értékeknek a legtöbb nyugat-európai országénál jobb megőrzöttségét, a hazai területkijelölés nagysága valamivel az EU átlag fölötti.
Az EU természetvédelemért felelős bizottsági részlege 2007. november 13-án a 2008/26/EK számú határozatával a pannon bioföldrajzi régió közösségi jelentőségű természeti területeit tartalmazó jegyzéket elfogadta. Ezáltal Magyarországon a „jelölt Natura 2000 területek” (angol megnevezése proposed Site of Community Importance – pSCI) „jóváhagyott Natura 2000 területekké” (angol megnevezése Site of Community Importance – SCI) váltak.
A 14/2010. (V. 11.) KvVM rendelet az európai közösségi jelentőségű természetvédelmi rendeltetésű területekkel érintett földrészletekről, valamint az Állami Természetvédelem Natura 2000 területekre (SCI-kre, azaz jóváhagyott Natura 2000 területekre) vonatkozó természetvédelmi prioritásainak megjelentetésével technikailag az SCI területek SAC (Special Area of Conservation) területekké, azaz különleges természetmegőrzési területekké váltak.
