A gyöngybagoly épületlakó madárfaj. Elsősorban a templomtornyokban és padlásokon, mezőgazdasági épületek zavartalan padlásterében stb. költ. Ezek miatt állománynagysága nagyban függ attól, hogy a lakosság hogyan viszonyul ehhez a fajhoz.
A gyöngybagoly rendelkezésére álló költőhelyek száma az egyházi alkalmazottak és vezetők, a mezőgazdasági telepeket működtető gazdák, és végső soron a vidéki lakosság hozzáállásától függ. Emiatt a gyöngybagollyal kapcsolatos természetvédelmi tevékenység csak akkor lehet sikeres, ha abban a lakosság minél szélesebb rétegei vesznek részt.
A gyöngybaglyok gyakorlati védelmének legaktuálisabb feladatai:
1, a költőhelyek biztosítása,
2, az egyházi épületekben zajló veszélyeztetett állatfajok védelmének központi szabályozása,
3, az alternatív költőhelyek minél teljesebb feltérképezése és fenntartása
4, a társadalom környezettudatosságának növelése, annak érdekében, hogy a nagy hatású gazdaságpolitikai döntések ne csökkentsék tovább a biológiai sokféleséget, és azon belül a gyöngybaglyok megmaradási esélyeit.
Ez utóbbiak közé sorolhatók a zöldmezős területbeépítések és az infrastruktúra fejlesztések (útépítés). Ezek együttesen az élőhelyek feldarabolódásához, vagy azok megszűnéséhez vezetnek, és növelik a nem természetes elhullást pl. az utak mentén. Kiemelt jelentőségű célkitűzés, hogy a mezőgazdasági kártevők ellen csak olyan szerek alkalmazásával védekezzenek, amelyek nem okozhatnak másodlagos mérgezés sem a gyöngybaglyoknál, sem más élőlényeknél. Speciálisan a gyöngybaglyok fennmaradását befolyásoló támogatott épületkorszerűsítéseket (templom és mezőgazdasági telepek modernizálása) csak úgy lehessen megvalósítani, hogy egyúttal azok fészkelési lehetőségei nem szűnnek meg, illetve újak keletkeznek.
A gyöngybagolyvédelmi célkitűzéseket – hasonlóan számos más fajéhoz – két területen lehet a legeredményesebben megvalósítani. A „hétköznapok” természetvédelme szintjén, amelyben minden környezettudatos polgár bekapcsolódhat, pl. fészkelő láda kihelyezéssel. Illetve a stratégiai kérdésekben, amelyekkel viszont már elsősorban egyesületünk szervezetként tud fellépni.
A gyöngybagoly magyarországi állománya 800-1000 pár között változik. A nagy állományingadozásokat az időszakosan beálló zord téli időjárási körülmények okozzák, amelyek e rossz hidegtűrésű fajt a többi hasonló testméretű bagolyfajhoz képest jobban megtizedelnek.
Az országban 400-500 között van a kihelyezett ládák száma.
Biológiai védekezésben betöltött szerepe: A gyöngybagoly igen fontos szerepet tölt be a települések és azok környezetének rágcsáló szabályozásában.. A településen és annak környezetében vadászó, fiókákat nevelő szülők éjszakánként akár 15-20 kisemlőst is elejthetnek. A fiókanevelés kb. 50 napig tart, és a párok jó része két fészekaljat is repít egy évben, így az összeadódó rágcsálófogyasztás egy párra és egy költési időszakra vetítve több ezer egér- és pocokféle is lehet. E hasznos tulajdonsága okozza ugyanakkor a gyöngybagoly vesztét is: a rágcsálóirtószerek eljutnak és felhalmozódhatnak a szervezetében, amely csökkent túlélést, szaporodási sikert vagy akár halált is okozhat az állomány jelentős részénél.
